办理码头证件的流程如下：
提出申请
申请人向行政服务中心港航处或地方海事局窗口提出申请，提交申请材料。
受理与初审
行政服务中心港航处或地方海事局窗口受理申请并进行初审，报送资料（3个工作日）。
申请人需要提交的文件和资料包括：
港口经营业务申请书。
经营管理机构的组成及其办公用房的所有权或者使用权证明。
港口码头、库场、储罐、污水处理等固定设施的竣工验收证书及港口岸线使用批准文件。
使用港作船舶的，港作船舶的船舶证书。
负责安全生产的主要管理人员通过安全生产法律法规要求的培训证明材料。
证明符合经营规定条件的其他文件和资料。
资料审查与现场核查
港航管理所将报送资料送港航处、地方海事局港航工程科审查（5个工作日）。
到申请经营场所现场核查（6个工作日）。
审批与发证
报送处（局）领导审批（4个工作日）。
窗口发放港口经营许可的有关证件。
建议
提前准备：申请人应提前准备好所有必要的文件和资料，确保材料齐全、格式规范。
咨询相关部门：在申请过程中，如有疑问或需要进一步的信息，应及时咨询相关部门。
按时办理：按照规定的流程和时间要求提交申请，以确保顺利获得码头证件。